اولین تشکلهای اداری این اداره کل مربوط به ایجاد دفاترآبیاری وابسته به بنگاه مستقل آبیاری خراسان میباشد که قبل از سال 45 شکل گرفته و وظیفه نظارت بر تقسیم و توزیع آبهای سطحی را از طریق به کارگماری میرابان بعهده داشته اند .
در اواخر سال 1348 بخش مطالعات پایه آبهای سطحی و زیرزمینی در قالب اداره ای مجزا کار خود را آغاز نمود .
پس از تصویب قانون توزیع عادلانه آب در سال 61 بخش حفاظت آبهای سطحی و زیرزمینی ایجاد و بهمراه دفاتر آبیاری و تلفیق با اداره مطالعات امور آب ناحیه بجنورد تشکیل گردید .
این امور با 2 دفتر آب شیروان و درگز فعالیت خود را تا سال 83 ادامه داد .
با تقسیم استان خراسان بزرگ در سال 83 و تفکیک آن به 3 استان خراسان شمالی – رضوی و جنوبی ایجاد اداره کل آب خراسان شمالی در شهریور ماه 1383 با تشکیلات جدید مورد تصویب قرارگرفته و فعالیت خود را آغاز نمود در این مقطع ادارات آب اسفراین و شیروان تشکیل و بعنوان زیر مجموعه اداره کل فعالیت می نمودند.
در اجرای قانون تبدیل ادارات کل استانی به شرکتهای آب منطقه ای ،در تاریخ3/11/1384 شرکت آب منطقه ای خراسان شمالی تشکیل و فعالیت خود را آغاز نمود.
در حال حاضر این شرکت دارای 3 امور آب بجنورد - اسفراین و شیروان بوده و کلیه وظایف محوله توسط شرکت مادر تخصصی مدیریت منابع آب وزارت نیرو را بعهده داشته و انجام می دهد.